「有料オンラインジャーナリズムの発展につなげたい」（岡田取締役）というが、課題もある。新聞購読料は販売所が集金してきたが、電子版はクレジットカード決済とし、日経本社に直接入金される。紙では顧客管理を販売所に委ねていたが、電子版では購読申し込みの際に読者の属性をつかみ、電子版の広告に役立てることにしている。
仮に紙の読者が電子版に切り替えた場合、販売所に日経から支払われていた配達手数料などがゼロになり、電子版の購読料がすべて本社の収入になる。このことが販売所側に伝えられると、日経を配達する他の全国紙系列の販売所などが「減収になる」と反発。約１カ月の無料利用期間を経て課金が始まる５月を前に、議論は平行線のままだ。
また「購読者になりすまし」の問題もある。購読者のＩＤとパスワードを、例えば会社の同僚が聞き出して使っても、技術的には購読者と同じように利用することが可能だ。日経の担当者は「規約上、他人のなりすましは禁止しており、複数の人間が同じＩＤとパスワードを使うと、お薦め記事の機能も働かなくなる」と言っているが、日経関係者からも「使い回しが広がると大変だ」と懸念する声が上がっている。
